Durante el periodo comentado, la cultura India entró en su Edad de oro con un florecimiento de la erudición. Hacia el siglo VI a.C. se había establecido una "universidad" en Takshashila (Taxila), cerca de lo que es Rawualpindi (Pakistán). Uno de los que se formaron en este centro fue Jivaka, que se ocupaba de la salud del rey Bimbasara de Magadha, a quién el rey designó personalmente que se ocupara también de la salud de Gautama Buda, quien aprobaba tanto el estudio como la práctica del Ayurveda.
En el año 326 a.C., Alejandro Magno invadió el norte de la India, siendo el primer contacto documentado entre ambas culturas. Los practicantes del Ayurveda impresionaron a Alejandro en la medida suficiente para que ordenara se les confiara exclusivamente todos los casos de envenenamiento, y al partir incorporó a su séquito a algunos de estos practicantes de Ayurveda.
En el siglo III a.C., Ashoka, el emperador de la mayor parte de la India septentrional , se convirtió al budismo. Motivado por la compasión hacia todo los seres con sensibilidad, tal como enseñaba Buda, Ashoka mandó construir "hospitales" gratuitos. Además envió embajadores y monjes budistas a numerosos países vecinos, llevando consigo la ciencia india, y probablemente fue así como llegó el Ayurveda a Sri Lanjka.
La actividad de cuidadores de la salud de los misioneros se mantuvo hasta mucho tiempo después de la época de Ashoka, tal como queda documentado en el Manuscrito Bower, escrito en el siglo IV d.C, y encontrado en el Asi Central donde lo habían llevado los misioneros.
Al parecer en los imperios posteriores de los guptas y los mauryas coexistieron practicantes del Ayurveda privados con otros al servicio del Estado, y el gobierno mantenía a los cuidadores de la salud de aldea con donaciones de tierra, además de pagarles un salario. La práctica del Ayurveda se realizaba con autorización imperial.
Durante este periodo de florecimiento intelectual es cunado aparecieron otros tres famosos textos ayurvédicos. Se atribuye tanto el Ashtanga Sangraha (del siglo VII) como el Ashtanga Hrdaya (de más o menos un siglo después) a un tal Vagbhata. El siglo VIII vió además la aparición del Madhava Nidana, un tratado sobre el arte de diagnosticar. Los budistas, que favorecieron todas las formas de aprendizaje, establecieron autenticas universidades para la enseñanza del budismo, de la tradición védica y de otros temas como la historia y la geografía , la literatura, la poesía y el teatro sánscrito, la gramática y la fonética del sánscrito, el derecho, la filosofía, la astronomía, las matemáticas, el comercio e incluso el arte de la guerra. El más famoso de estos centros fue Nalanda, que se fundó durante el siglo IV d.C, y prosperó aproximadamente hasta el siglo XII. A Nalanda acudieron estudiantes de todos los países vecinos, siendo el informe de dos viajeros chinos, que estuvieron como estudiantes en el siglo VII, los que mejor reflejan esta realidad.
La Edad de Oro terminó cuando las oleadas invasoras musulmanas acapararon el norte de la India durante los siglos X y XII. El budismo había evolucionado como una reacción contra la ritualización sin sentido con que muchos miembros de la casta sacerdotal védica, los brahmanes, habían contaminado la religión védica. Mientras que los hindúes habían respondido a esta reacción no solo con brotes asilados de violencia contra los templos y monasterios budistas, sino también con un amplio movimiento reformista propio, los musulmanes masacraron en masa a los monjes como infieles, destruyeron las universidades e incendiaron las bibliotecas, Los que pudieron escapar huyeron a Nepal y al Tibet, donde el Ayurveda había penetrado por primera vez en el siglo VIII a.C. Por eso, algunos textos ayurvédicos se conservan hoy solamente en traducción tibetana.
A pesar de la colonización árabe y de la introducción del unani tabbir, el arte de curar musulmán, el Ayurveda sobrevivió. A pesar de todo la unani es una combinación de la higiología griega con el Ayurveda, que aprendieron los árabes de los textos traducidos al persa, cuando la dinastía de los sasánidas controlaban parte del norte de la India.
En el siglo XIII o en el XIV apareció un nuevo tratado de higiología , el Sharngadhara Samhita, que introdujo síndromes y tratamientos nuevos.
Durante el siglo XVI, Akbar, el mayor de los emperadores mogoles y un gobernante notablemente inspirado, ordenó personalmente la compilación de todos los conocimientos higiológicos de la India, un proyecto que dirigido por su ministro de finanzas, Raja Todar Mal.
Durante siglos, Europa había codiciado las especies de la India, que se utilizaban para conservar la carne y disimular el olor y el sabor de la putrefacción. En el transcurso de los siglos XVI y XVII, cuando se produjo la apertura de las rutas comerciales segura hacia oriente, que aseguraron una abundante provisión de especies, creció el interés de los europeos por la cultura India.
Fueron los europeos quienes llevaron la sífilis a la India, cuya primera descripción ayurvédica se encuentra en el texto del siglo XVI conocido como Bahavaprkasha, bajo la denominación de "enfermedad de los extranjeros", en honor a los primeros importadores, los portugueses.
En 1835 sir Macaulay ordenó que en todos los territorios gobernados por la East India Company prevalecer exclusivamente el conocimiento europeo, incluyendo la medicina. Como las tradiciones vivientes se pierden cunado los expertos mueren sin haber podido formar, durante las décadas siguientes se perdieron enormes cantidad de conocimientos autóctonos.
Durante el siglo XIX, tradujeron del tratado de Sushruta los detalles de una operación reparadora de daños sufridos en la nariz y orejas, lo que dio lugar al comienzo de la cirugía plástica.
Con la afirmación del nacionalismo hindú a comienzos del siglo XX , volvió a despertarse el interés por el arte y la ciencia de la India, y el Ayurveda comenzó gradualmente a renacer. Hoy en día es uno de los sistema de salud oficialmente reconocidos por el gobierno de la India junto con la medicina, la homeopatía, la naturopatía, las dinámicas de salud unani y siddha y la dinámica de salud yóguica.
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